南山知识产权保护中心共分为两大部分：展示和服务区。展示区分为展厅和互动展示区。展厅以“知识产权保护”为核心，构建八大内容模块，遵从由总到分，由抽象到具体的关系，循序渐进进行内容展示和动线规划。八大内容模块分别是logo墙、中心介绍及宣传片、深圳市和南山区知识产权综述、南山知识产权优势企业大数据、南山知识产权服务、知识产权典型案例速览、世界知识产权政策以及影响世界的发明专利。 互动展示区以T台秀为主，作为知识产权成果展示区，经常举办企业产品发布、企业产品主题展、科技展品主题展等活动。